本原教会于昭和27年（1952）2月6日建立，将从属于浦上小教区的本原3丁目俱乐部改造后以临时圣堂的名义奉献圣保罗三木并开始活动。 从那时开始，便在长崎圣弗朗西斯科会进行宣教活动，1959 (昭和34) 年6月13日，在如今圣堂的所在地开始设计修道院，并将当时的临时圣堂迁移至此。翌年11月1日，司牧受圣弗朗西斯科会委托新设立本原小教区。1962 (昭和37) 年5月20日，现存的圆形的新圣堂献堂建成。在教会入口，建有日本二十六圣人的圣伯多禄·巴普蒂斯塔的铜像，并作以向着浦上一带观望的姿势。
