1952年（昭和27年）、長崎大司教であった山口愛次郎司教は、浦上小教区の本原3丁目クラブを聖別し、聖パウロ三木に捧げ仮聖堂を建てた。 その後、聖フランシスコ会修道会が1959年（昭和34年）に長崎修道院を現在地に設立し、仮聖堂もこの地に移転したため、1960年（昭和35年）に本原小教区が新設された際には、聖フランシスコ会が同教区から司牧を任されることとなった。 本原教会は、二十六聖人の一人である聖ペトロ・バプチスタ神父を守護の聖人とし、玄関前に銅像を建て、彼の聖遺物も聖堂内に安置されている。
